一.缴费人应在规定期限内进行纳费申报，填报《矿产资源补偿费纳费申报表》。
二.提交已开采矿产品的矿种、产量、销售数量、销售价格和实际开采回采率等各项数据资料。
三.国土资源主管部门按照矿产资源补偿费计征公式对企业提交的纳费申报表审查，并结合采矿企业设计生产能力，实际生产规模等因素，按照规定核定纳费人的纳费数额。
缴纳矿产资源补偿费应提交的资料
1、已采出的矿产品的矿种；
2、已采出的矿产品的产量；
3、矿产品的销售数量；
4、矿产品的销售价格和实际开采回采率等资料。
矿产资源补偿费征收单位
矿产资源补偿费由所在市国土资源主管部门和区、县级地矿主管部门会同同级财政部门负责征收。中央直属矿山企业、市属国有矿山企业和跨区县矿山企业的补偿费，由市国土资源主管部门负责征收，其它各类矿山企业的补偿费由区县地矿主管部门负责征收。
矿产资源补偿费收费标准
按照《矿产资源补偿费征收管理规定》第五条计算公式计征应征矿补费的额度。矿产资源补偿费收费标准是：征收矿产资源补偿费金额=矿产品销售收入×补偿费费率×开采回采率系数。
矿产资源补偿费费率：以从价法计征资源补偿费，费率按矿种进行分档，大体为矿产品销售收入的1％～4％，平均为1．18％。石油、天然气、煤炭、煤成气、石煤、油砂的费率为1％；黑色金属矿产、有色金属矿产、非金属矿产及天然沥青、油页岩的费率为2％；放射性矿产、稀有金属矿产、稀土金属矿产、稀散元素矿产、气体矿产的费率为3％；贵金属矿产、离子型稀土矿产、宝石、玉石、宝石级金刚石及矿泉水的费率为4％；矿盐的费率为0．5％。<详细:矿产资源补偿费费率表>
我国《矿产资源补偿费征收管理规定》，对外商投资企业和国内不同经济类型的采矿权人适用同一费率和相同征收管理办法。
国家对矿产资源补偿费使用管理
市级国土资源主管部门负责征收的矿山企业，由纳费人按月填写《矿产资源补偿费纳费申报表》，经市国土资源主管部门审查确认后，按5：5的分成比例，分别解入中央和地方金库。
各区县所负责征收的矿补费按国务院第150号令等规定，填写《市财政缴款书》和《中央矿产资源补偿费专用缴款书》，分2次上缴国库，7月1日以前将上半年征收的矿补费按5：5比例分别解入中央和地方金库，下一年度的1月1日前将上年度下半年征收的矿补费按规定分别缴入中央和地方金库。
