1.在成立时间上的变化
过去是注册一年以上的居民企业，指的是一个会计年度；现在是企业申请认定时须注册成立一年以上。
2.在知识产权上强调企业的所有权
(1)取消了企业通过专利独占许可获得的知识产权 ；
(2)取消了近3年产生的知识产权的限制；
(3)把知识产权划分为Ⅰ类和Ⅱ类，强调对主要产品的支撑；
(4)调整动植物新品种权的权重，视为发明专利（Ⅰ类）；增加了新药证书为知识产权（Ⅰ类）；
在提供知识产权证明时，不仅要提供授权证书，还要对主要产品（服务）在技术上发挥核心支持作用的知识产权的详细说明。
雷区一 根据专利名称确定研发项目。
一般企业直接根据专利名称确定研发项目，项目名称与专利名称完全一致，根据新的工作指引，研究发活动是指为获得科学与技术新知识，创造性运用科学技术新知识，或实质性改进技术、产品（服务）、工艺而持续进行的具有明确目标的活动。
如果仅仅以专利名称命名研发项目，太狭隘，体现不了企业新技术应用性，而且容易造成对先有研发再有专利还是先有专利再有研发的模糊认识，现在普遍的是专利的申请日期比企业研发项目开始时间还早，这让专家如何评审。
编制研发项目RD表照搬专利说明书在编制研发项目RD表中的核心技术与创新点时，照搬专利说明书，有的像做装置的企业完全照搬专利说明书中的结构说明，甚者连说明书中的“所述“二字都未去除，RD表中的取得阶段性成果，在评审过程中已达成共识，一致认为是在项目周期内取得专利或技术诀窍等知识产权。
雷区二 知识产权
知识产权技术性不强
新的工作指引将知识产权进行了分类发明专利、植物新品种、农作物品种、新药、中药保护品种、集成电路等划为Ⅰ类；实用新型、外观设计、软件著作权等（不含商标）划为Ⅱ类。
特别强调了发明专利的重要性，部分企业是纯粹为了申报高企而报专利，全部是实用新型，报的专利技术性不强，更有甚者由专利事务所直接编，造成了知识产权与研发项目和产品的关键技术完全不搭界，张冠李戴。
科技成果描述过于单一，与产品相关性不强
新的工作指引对科技成果转化形式进行了多样化，丰富了企业将研发的技术成果进行产业化的方式，并要求年平均转化5项以上，在高企申报，还需要将企业的科技成果进行描述，要描述出技术成果是什么，怎么转化的，应用在哪个产品中，应用的效果如何，是否产生收益。
2016年通过了解很多企业在此处丢失城墙，且不说数量，首先知识产权跟项目和产品严重不匹配，明明成果与产品不相关硬要扯上关系。
在申报过程中对产品描述不清，技术性不强，佐证材料五花八门的情况
在企业认定过程中还存在着企业产品型号众多，有的可能几百个型号，这就对企业自己归集高新收入时产生了困难，非标产品如何提供佐证材料也让企业头疼，这就造成了在申报过程中对产品描述不清，技术性不强，佐证材料五花八门的情况。
未设置研发支出辅助账，企业审计报表与纳税申报表不一致
员要求做了较大的调整，去除了大专以上学历要求，科技人员也由30%降为了10%。
此次调整对企业来说是好事，但是却加强了企业社保人员的检查力度，尤其是乡镇科技型企业，由于人员资质较弱，将面临极大的挑战。
